Rakku läbistavad peptiidid on väikesed peptiidid, mis võivad kergesti tungida läbi rakumembraani.See molekulide klass, eriti sihtimisfunktsioonidega CPP-d, lubab tõhusalt toimetada ravimeid sihtrakkudesse.
Seetõttu on selle uurimisel teatud biomeditsiiniline tähtsus.Käesolevas töös uuriti erineva transmembraanse aktiivsusega CPP-sid järjestuse tasemel, püüdes välja selgitada CPP-de transmembraanset aktiivsust mõjutavad tegurid, erineva aktiivsusega CPP-de ja NonCPP-de järjestuste erinevused ning tutvustada meetodit bioloogiliste järjestuste analüüsimiseks.
CPP-de ja NonCPP-de järjestused saadi CPPsite andmebaasist ja erinevatest kirjandustest ning CPP-järjestustest eraldati andmekogumite koostamiseks transmembraansed peptiidid (HCPP-d, MCPP-d, LCPP-d), millel on kõrge, keskmine ja madal transmembraanne aktiivsus.Nende andmekogumite põhjal viidi läbi järgmised uuringud:
1, erinevate aktiivsete CPP-de ja mitte-CPP-de aminohappe- ja sekundaarstruktuuri koostist analüüsiti ANOVA abil.Leiti, et aminohapete elektrostaatilised ja hüdrofoobsed interaktsioonid mängisid olulist rolli CPP-de transmembraanses aktiivsuses ning spiraalne struktuur ja juhuslik kerimine mõjutasid ka CPP-de transmembraanset aktiivsust.
2. Kahemõõtmelisel tasapinnal kuvati erineva aktiivsusega CPP füüsikalised ja keemilised omadused ning pikkused.Leiti, et erineva tegevusega CPP-d ja NonCPP-d saab rühmitada mõne eriomaduse alla ning HCPP-d, MCPP-d, LCPP-d ja NonCPP-d jaotati kolme klastrisse, näidates nende erinevusi;
3. Käesolevas töös tutvustatakse bioloogilise järjestuse füüsikalise ja keemilise tsentroidi kontseptsiooni, jada moodustavaid jääke vaadeldakse osakeste punktidena ning jada abstraktselt uuritakse osakeste süsteemina.Seda meetodit rakendati CPP-de analüüsimisel, projitseerides PCA-meetodil erineva aktiivsusega CPP-d 3D-tasandile ja leiti, et enamik CPP-sid rühmitusid kokku ja mõned LCPP-d rühmitusid mitte-CPP-dega.
See uuring mõjutab CPP-de kavandamist ja erinevate tegevustega CPP-de järjestuste erinevuste mõistmist.Lisaks saab käesolevas töös tutvustatud bioloogiliste järjestuste füüsikalise ja keemilise tsentroidi analüüsimeetodit kasutada ka muude bioloogiliste probleemide analüüsimiseks.Samal ajal saab neid kasutada sisendparameetritena mõnede bioloogiliste klassifitseerimisprobleemide korral ja mängida rolli mustrituvastuses.
Postitusaeg: 15. juuni 2023