Polüpeptiidse peptiidahela disainiskeem ja lahendus

I. Kokkuvõte
Peptiidid on spetsiaalsed makromolekulid, nii et nende järjestused on oma keemiliste ja füüsikaliste omaduste poolest ebatavalised.Mõnda peptiide on raske sünteesida, samas kui teisi on suhteliselt lihtne sünteesida, kuid neid on raske puhastada.Praktiline probleem seisneb selles, et enamik peptiide on vesilahustes vähelahustuvad, nii et meie puhastamisel tuleb vastav osa hüdrofoobsest peptiidist lahustada mittevesilahustes. Seetõttu on need lahustid või puhvrid tõenäoliselt kasutamisega tugevalt vastuolus. bioloogiliste eksperimentaalsete protseduuride kohta, nii et tehnikutel on rangelt keelatud peptiidi kasutada oma eesmärkidel, nii et järgmised on teadlaste jaoks peptiidide kavandamise mitmed aspektid.

Polüpeptiidse peptiidahela disainiskeem ja lahendus
Teiseks sünteetiliste raskete peptiidide õige valik
1. Alla reguleeritud jadade kogupikkus
Alla 15 jäägiga peptiide on lihtsam saada, kuna peptiidi suurus suureneb ja toorprodukti puhtus väheneb.Kuna peptiidahela kogupikkus suureneb üle 20 jäägi, on toote täpne kogus võtmetähtsusega probleem.Paljudes katsetes on jääkide arvu alla 20 langetades lihtne saada ootamatuid efekte.
2. Vähendage hüdrofoobsete jääkide arvu
Suure hüdrofoobsete jääkide ülekaaluga peptiidid, eriti C-otsast 7-12 jääki kaugusel, põhjustavad tavaliselt sünteesiraskusi.Seda peetakse ebapiisavaks kombinatsiooniks just seetõttu, et sünteesi käigus saadakse B-volditav leht."Sellistel juhtudel võib olla kasulik muundada rohkem kui kaks positiivset ja negatiivset jääki või lisada peptiidile Gly või Pro, et vabastada peptiidi koostis."
3. "Raskete" jääkainete alareguleerimine
"On mitmeid Cys, Met, Arg ja Try jääke, mida üldiselt ei sünteesita."Ser-i kasutatakse tavaliselt Cys'i mitteoksüdatiivse alternatiivina.
Polüpeptiidse peptiidahela disainiskeem ja lahendus

Kolmandaks parandage vees lahustuva aine õiget valikut
1. Reguleerige N- või C-otsa
Võrreldes happeliste peptiididega (st negatiivse laenguga pH 7 juures) on negatiivse laengu suurendamiseks eriti soovitatav atsetüülimine (N-otsa atsetüülimine, C-ots säilitab alati vaba karboksüülrühma).Aluseliste peptiidide (st positiivse laenguga pH 7 juures) puhul on aga positiivse laengu suurendamiseks eriti soovitatav amiinimine (vaba aminorühm N-otsas ja amiinimine C-otsas).

2. Lühendage või pikendage järjestust oluliselt

Mõned järjestused sisaldavad suurt hulka hüdrofoobseid aminohappeid, nagu Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr ja Ala jne. Kui need hüdrofoobsed jäägid ületavad 50%, ei ole neid tavaliselt lihtne lahustada.Peptiidi positiivsete ja negatiivsete pooluste edasiseks suurendamiseks võib olla kasulik järjestust pikendada.Teine võimalus on peptiidahela suurust alla reguleerida, et suurendada positiivseid ja negatiivseid poolusi, vähendades hüdrofoobseid jääke.Mida tugevamad on peptiidahela positiivsed ja negatiivsed küljed, seda suurem on tõenäosus, et see reageerib veega.
3. Pange vees lahustuv jääk
Mõne peptiidahela puhul võib mõnede positiivsete ja negatiivsete aminohapete kombinatsioon parandada vees lahustuvust.Meie ettevõte soovitab happeliste peptiidide N- või C-otsa kombineerida Glu-Glu-ga.Esitati põhipeptiidi N- või C-ots ja seejärel Lys-Lys.Kui laetud rühma ei saa paigutada, võib Ser-Gly-Seri paigutada ka N või C otsa.Kuid see lähenemine ei tööta, kui peptiidahela külgi ei saa muuta.